Lipnik istniał już w XV w., a świadczy o tym przekaz z 1436 r. zawierający wiadomość o jej dziedzicu, który do spółki z właścicielem Kij zapisał tutejszemu proboszczowi dziesięciny we wsi Samostrzałów. U Długosza Lipnik występuje jako Lipa, miał dwóch właścicieli ? Zawiszę Ołoboka i Rafa-ła herbu Leliwa, funkcjonowały w nim dwa folwarki, uprawiano trzy łany, stała karczma. Rejestry poborowe z końca XVI w. wymieniają już tylko jednego dziedzica, Macieja Lipnickiego, dysponującego 9 kmieciami, tyluż zagrodnikami oraz dwoma ubogimi. Dziedzice wsi byli ludźmi zamożnymi, o czym świadczą ich fundacje na rzecz kościoła parafialnego. W wieku XVII celował w tym względzie Hieronim Lipnicki, przeznaczając znaczne pieniądze na wyposażenie tej świątyni i na przytułek dla starców i ubogich. Na ten ostatni łożył jeszcze w połowie XIX stulecia hrabia Kazimierz Lanckoroński. W roku 1787 mieszkało w Lipniku 148 osób, w 1827 prawie tyle samo, bo 147 (w 18 domach), w 1846 już 185. Dziedzic mieszkał we dworze, obok stały budynki służby, pracowała kuźnia oraz młyn Jana Żakowicza. W początkach lat międzywojennych wieś zamieszkiwały 184 osoby, w tym dwóch Żydów. Tutejszy folwark (240 ha) miał za właściciela Hermana Freisingera, potem dzierżawił go Aleksander Dłubak. W 1930 r. folwark zlicytowano ponieważ obciążały go długi.
Liczba mieszkańców wsi stale się zmniejsza, co ilustrują poniższe dane:
Rok osób
1939 276
1945 264
1976 258
2004 202
Lipnik najwcześniej zwał się Lipa, potem Lipniki, w końcu przybrał obecną nazwę. Jest ona związana z szatą roślinną, bo lipnik to gaj lipowy.
