Nazwę wsi ? Clissow, pochodzącą od nazwy osobowej Klisz, wymieniają źródła w początkach XV stulecia. W następnym wieku piszący o niej Długosz podaje wiadomość o kmieciach, uprawiających tu półtora łana, i właścicielach którymi byli: Dziewesiusz herbu Jelita oraz Mniewski herbu Nieczuja. W czasach nowożytnych stanowiła majątek Krasuskich i Lanckorońskich. W roku 1827 zabudowa wsi składała się z 19 domów, liczba mieszkańców przekraczała 200, by w 1846 osiągnąć 232. Po powstaniu styczniowym dobra Kliszów stanowiły całość z dobrami Motkowice. Były to folwarki: Kliszów, Macieryż, Rębów i przyległość Pysk, czyli obszar 152 mórg po wyciętym lesie. Kupili ten majątek w roku 1874 Górscy. W 1867 r. Kliszów awansował na stolicę gminy w powiecie pińczowskim. Jej obszar wynosił 13523 mórg, zamieszkiwało ją 3731 mieszkańców w następujących miejscowościach: Borczyn, Borków, Chwałowice, Czechów, Gartatowice, Górki, Hajdaszek, Kije, Kliszów, Kokot, Lipnik, Rębów, Samostrzałów, Stawiany, Umianowice, Wierzbica i Wymysłów. Spis powszechny z 1921 r. dodał jeszcze: wieś Janów, folwarki w Czechowie, Kijach, Kliszowie i Lipniku, stację kolejową Kije Pruczów, Marynkę (część Stawian) i Pysk Wierzbicki (część Wierzbicy).
Tenże spis podał liczbę ludności: 5745 oraz ilość budynków mieszkalnych: 956 (Według spisu z roku 1931 odpowiednio 6183 i 1094). W zaraniu XVIII w. zawitała do Kliszowa wielka historia na europejską skalę. Tak się stało za sprawą głośnych wypadków militarnych, które miały tu miejsce w lipcu 1702 r. Podczas działań wielkiej wojny północnej doszło na tym terenie do bitwy w której starły się ze sobą wojska polskosaskie króla Augusta II Sasa (ok. 21 tys. żołnierzy) z armią szwedzką Karola XII (20 tys.). O zwycięstwie Szwedów zdecydował talent dowódczy ich króla, udany atak na odsłonięte skrzydło saskie i ucieczka z pola walki husarii Hieronima Lubomirskiego, hetmana wielkiego koronnego. Pole bitwy zasłało ponad dwa i pół tysiąca trupów i setki zabitych koni. August II stracił cały tabor, działa i przez Pińczów wycofał się do Krakowa. Pamięć o bitwie trwa do dzisiaj. Przechowuje ją miejscowa tradycja, materialne pozostałości po tym wielkim starciu, zaglądający tutaj turyści, zatrzęsienie stron w Internecie i barwne opowiadania, dotyczące głównie ukrytych tu ponoć skarbów. O ich poszukiwaniach pisał niegdyś ks. Stanisław Skurczyński (1892?1972), zasłużony dla nauki archeolog ? amator, rodak z Ponidzia: ?W 1917 r. kilku Szwedów przyjechało do Kij i stąd robili wycieczki w okolice Kliszowa i Korytnicy. Czegoś szukali, mieli dokładne mapy. W Kliszowie, w zabudowaniach dworskich był stragan [budyneczek gospodarczy], na którym było wypisane po łacinie, że tu stacjonował Karol XII. Chcieli kupić cały budynek i prawdopodobnie kupili, bo został rozebrany. Szukali podobno korony i całej wojennej kasy Augusta II. Polacy i Sasi zostali pobici pod Kliszowem dn. 19 lipca 1702 r. Cały obóz, chorągwie, artyleria, a nawet wojenna kasa króla Augusta II wpadły w ręce króla Szwedów. Ludzie mówili, że Szwedzi szukali *kapelusza* królewskiego. Znaleźli, odkryli piwniczkę sklepioną, zabrali skarby i więcej się nie pokazują.Był i drugi skarb, zakopany z tych czasów na wydmie, przy drodze do Borczyna. Skarb ten był oznaczony na dużej sośnie kapliczką, ale tę sosnę ścięto, a kapliczkę przeniesiono dalej o 60 m, dlatego Szwedzi skarbu tego nie znaleźli, chociaż mieli dokładne mapy i wskazówki?. Ale znalazł go ? gar gliniany ze złotymi talarami i dukatami, proboszcz Skurczyński, który był także fenomenalnym różdżkarzem. 300. lecie bitwy upamiętniono uroczystościami z udziałem władz samorządowych powiatu i gminy oraz gości zagranicznych z Republiki Federalnej Niemiec i Królestwa Danii. Przybył również prof. Marek Wagner, historyk, autor pracy naukowej ?Kliszów 1702?. Trwałą pamiątką po tym spotkaniu jest kamienny obelisk z tablicą, ustawiony pod kliszowską podstawówką. Podczas I wojny światowej Nida była rzeką frontową, na której lewym brzegu okopali się Rosjanie, mając za przeciwnika wojska austro-węgierskie rozlokowane z przeciwnej strony. Zanim wojna nad Nidą zamieniła się w pozycyjną doszło tutaj do krwawych starć, poległy setki żołnierzy, a świadkami tych dramatycznych wydarzeń było Skowronno, Motkowice i Kliszów. W dniu 21 grudnia 1914 po pięciodniowym pościgu za oddziałami rosyjskimi wycofującymi się od Pilicy, dotarł do Motkowic 13 Galicyjski Pułk Piechoty składający się wyłącznie z Polaków, odbywających wcześniej służbę wojskową w garnizonie krakowskim (Popularnie nazywano go Krakowskie Dzieci). Most na Nidzie zniszczyła artyleria, zbudowano więc prowizoryczne przejścia i ruszono do szturmu. Bataliony idące w kierunku Skowronna zdziesiątkowano morderczym ogniem armatnim i karabinów maszynowych, ludzie topili się w bagnach, rannymnie mógł nikt pomóc, bo zapadły zimowe ciemności. Straty były ogromne. ?Nieco więcej żołnierskiego szczęścia dopisało dwóm batalionom 13 pułku, forsującym rzekę po lewej północnej flance. Przeszli ok. 2 kilometrów przez łąki majątku Kliszów zwane z dawna przez miejscowych *trupieńcem*, gdzie wokół leżą-cego na skraju wsi dworku doszło do walki z kontratakującymi Rosjanami ? napisał później wnuk jednego z uczestników.Mój dziadek wraz z kilkoma pozostałymi przy życiu obrońcami skrył się w jednym z gospodarczych budynków kliszowskiego folwarku. Słyszeli tylko głośny okrzyk *ura, ura!* nacierających Rosjan ? na zmianę z *hurra!* kontratakujących Trzynastaków. Niedługo potem rozpoczęło się sprawdzanie przez Rosjan folwarcznych zabudowań. Wszystkie chyba budynki były puste, bo gdy sołdaci doszli pod drzwi ostatniego, dziadek z towarzyszami usłyszeli tylko zniechęcone *aa?* Po ucichnięciu głosów, wymknęli się na zewnątrz. Daleko jednak nie zawędrowali ? usłyszeli zwykłe w takich okoliczno-ściach *Postojzdajtsa!* [Stać ? poddać się!]. Spod czarnych skrzydeł dwugłowego orła Habsburgów wpadli prosto w szpony jego bliźniaczego kuzyna ? orła Romanowów?. Wszystkich wziętych do niewoli internowano w Pińczowie, potem przetransportowano do Kielc i Warszawy, a stamtąd wywieziono na zachodnią Syberię. W maju 1915 r. wojna nad Nidą się skończyła, wojska poszły bić się gdzie indziej, zabitych pochowano na trzech cmentarzach wojennych: w Motkowicach, Skowronie Górnym i Kijach (dwa ostatnie przeniesiono w późniejszym czasie do Piń-czowa). W sumie spoczęło tu 318 żołnierzy wojsk austro-węgierskich i 322 rosyjskich. ?Śpią snem wiecznym, nikt o nich nie pamięta, tylko czasem na wiosnę kukułka im zakuka? ?melancholijnie zauważył jakiś autor wspomnień. W Polsce międzywojennej wieś i folwark kliszowski zabudowany był 44 budynkami zamieszkałymi przez 291 osób. Wśród nich znajdowało się 10 Żydów, uznających się w komplecie za Polaków. Po zakończeniu II wojny wieś przestała pełnić funkcję gminy, przeniesionej stąd do Kij. Mieścił się tu jednak państwowy Dom Opieki dla Dorosłych, instytucja dobroczynna dla ok. 40 starych ludzi; korzystali z opieki duszpasterskiej księży parafialnych. W roku 2004 wieś liczyła 250 mieszkańców. Działa tu ochotnicza straż pożarna i koło gospodyń wiejskich. Przysiółkiem wsi jest Macieryż, dawny folwark. Pochodzenie tej nazwy nie jest jasne i dotąd nie zostało wyjaśnione.
